Regis, vėlyvą 1982 m. rudenį, vienas tada dar nelabai įžymus mokslininkas sutrikęs pasakojo, kad štai, jų institute, moksliniame institute, vienas perspektyvus bendradarbis tapo kunigu. Nelegaliu kunigu. Jį jaudino du dalykai – kiek nukentės institutas ir ar bus „tąsomi“ bendradarbiai bei vadovai. Bet asmeniškai – nieko blogo negalįs pasakyti. Bendradarbis esąs ramus, malonus, taktiškas žmogus. Bet yra ir antras aspektas – kaip mokslininkas galįs tapti kunigu. Mėginau pasakyti kažką apie Pascalį ir Leibnizą, kurie gal ir nebuvo kunigai, bet giliai religingi mokslininkai. „Taip, bet juk šiais laikais…“
Tas perspektyvus mokslininkas, tais pat metais apsigynęs „fizikos-matematikos mokslų kandidato“ (dabar – daktaro) disertaciją, buvo Jonas Boruta. Savo gamtamokslinio išsilavinimo niekada neakcentavo, nes netikėtai pasuko visai kita kryptimi. Tapo profesionaliu istoriku ir, gal net svarbiau, vienu iš naujos istorikų kartos ugdytojų. Stebėtis, bent jau garsiai, kad kunigas gali būti mokslininkas, šiandien jau nelabai solidu. Vis dėlto reikia pripažinti, kad galima stebėtis pačiu kun. Borutos asmeniu – jis tikrai įkūnijo jėzuito-mokslininko įvaizdį. Jame tarsi atsispindėjo XVII–XVIII a. jėzuitai – matematikai, fizikai, etnologai, galiausiai dėstytojai. Ir, žinoma, jaunimo mokytojai, lavintojai, liudijantys mokslo ir tikėjimo dermę. Lūžiniais 1989-aisiais, kai ne tik Lietuvai, bet ir Bažnyčiai teko atrasti naujus kelius, velionis buvo tarsi naujos tapatybės pažadas, bet, būkime atviri, ir artėjančių rūpesčių ar net nesėkmių nuoroda. Vysk. Algirdas Jurevičius laidotuvių homilijoje pasakojo:
1989 m. po Vilnių pasklido gandas, kad tam tikrą savaitės dieną į Šv. Kazimiero koplyčią renkasi jaunimas ir klausosi tęstinių pamokslų apie Dievo buvimo įrodymus. Nuėjau ir aš. Mišias aukojo man nematytas kunigas – tai buvo kun. Boruta, kuris po Evangelijos vietoj pamokslo dėstė šventųjų Augustino ir Tomo Akviniečio išplėtotus Dievo buvimo įrodymus. O tai atrodė maždaug taip: kun. Boruta užsimerkdavo ir taisyklinga lietuvių kalba maloniu tyliu balseliu dėstė mums gilias filosofines tiesas. Nors tai trukdavo apie pusvalandį ar dar ilgiau, bet po savaitės, žiūrėk – ir vėl Šv. Kazimiero koplyčia pilna jaunimo. Iš po sovietijos pado išėję mes nieko panašaus nebuvome girdėję.
Bet Lietuva keitėsi staigiai ir gan drastiškai. Radosi naujų galimybių ir Bažnyčiai. Reikėjo vis daugiau kunigų, galinčių kalbėti visuomenei. Kun. Boruta ėjo, kur buvo siunčiamas ar kviečiamas. Gausiuose nekrologuose, regis, nebuvo prisiminta jo televizinė misija. Tuo pačiu maloniu tyliu balsu jis kalbėjo žiūrovams, iš pradžių gausesniems, paskui vis retėjantiems. Jėzuitas mokslininkas pateko į visai kitą kontekstą, svetimą jo jausenai ir mąstymui. Tokia dalia tenka ne vienam, gyvenančiam pervartos laiku. Gal kas nors tai pavadintų nesėkme, kaip ir nejautrumą pamokslų auditorijai. Bet klausytojų reakcija liudijo ką kita – supratingumą. Dabar, žvelgiant iš viso gyvenimo perspektyvos, galime drąsiai pasakyti, kad kun. Boruta pirmiausia buvo akademinis žmogus, to ilgėjosi jau tapęs vyskupu. Jau užsiminiau apie jo darbą Vilniaus universitete. Bažnyčios istorija jam buvo iš tiesų istorija, o ne apologetinių pasakojimų rinkinys. Kai kilo mintis parašyti naują Krikščionybės Lietuvoje istoriją, naujosios kartos autoriai vienu ar kitu būdu jau buvo patyrę kun. Borutos įtaką. Manau, ne vienas jų ir dabar pavadintų save jo mokiniu. Vis dėlto, pakviestas neformaliai prisijungti prie diskusijų rengiant veikalo apmatus, laikėsi ne kaip mokytojas, o kaip delikatus diskusijos partneris. Lygiai taip delikačiai ir supratingai, kol perdavė pareigas naujos kartos intelektualams, vadovavo atsikūrusiai Lietuvių katalikų mokslo akademijai, nelengvai ieškančiai savo tapatumo.
Ne man aptarinėt jo darbą Lietuvos vyskupų konferencijos generaliniu sekretoriumi ar ilgamečiu Jėzaus Draugijos provincijolu. Bet jis pats neslėpė kartėlio, susidūręs su vėlgi naujais, jam pačiam, regis, netikėtais vienuolinio gyvenimo pokyčiais: „Kai dirbai ir žinojai, jog už tai niekas nepagirs, bet gali nukentėti, jausdavai džiaugsmą, o kai dabar tenka tarsi vienuolių varžybose dalyvauti, tai nėra gerai – gerąjį Dievą liudijantis vienuolinis gyvenimas nebėra nei patrauklus, nei pakankamai dvasiškai įtaigus“.Šie keli in memoriam štrichai nėra nekrologas. Tai veikiau mėginimas priminti, kad vysk. Jonas Boruta buvo daugiau negu epochų kaitos liudytojas – jis buvo jos veikėjas.
